6、支付结算系统没有把会计核算系统纳入其中，使商业银行的工作效率大大降低。
会计核算是清算银行与客户之间，银行与银行之间债权债务的重要手段，我国银行系统的电子化和现代化，必须把会计核算系统纳入自动处理体系之内，这样既减轻了会计人员的工作量，提高核算的精度，也加快了资金的清算速度。在中央银行总体调控金融行为的工作中，可以做到足不出户既实现对商业银行账务的监督，即使该功能没有充分发挥，其威慑力也可想而知，将会计核算纳入支付结算系统迫在眉睫。
实践证明，近来我国商业银行系统连爆大案，与落后的银行系统密不可分。在计算机网络普及的时代，我国电子银行系统只是实现了部分业务功能的改造和通讯硬件手段的现代化，整个银行系统业务软件系统的改造还有很长的路要走，业务软件系统具有强烈的升级换代需求。解放思想，创新银行支付结算体系，实现商业银行的支付结算与银行联行往来的有机结合，成为目前中央银行解决金融操作风险，遏制大案要案发生的重要举措。
二、我国银行支付结算系统发展对策
改革开放以来尽管我国银行的支付结算系统和电子联行往来系统的建设取得了举世瞩目的成绩，但发展的速度仍显缓慢。对我国银行的支付结算系统和电子联行往来系统进行改造，实现两个系统的有机结合。推进商业信用的的发展和企业资信形象的建设具有深远的意义。笔者认为，这些措施可以包括以下几个方面：
1、升级我国银行支付结算系统和电子联行往来系统，实行流程再造。
重新设计支付结算和联行往来的软件系统，根据金融电子化的要求，重新组织票据的传递流程、业务的组织、会计的核算、人员的管理、权限的设定等工作，健全银行信息共享、企业资信查询、票据查询等体系。支付结算和联行往来系统的生机换代可以吸收当前电子银行系统已经取得的成果，对应该纳入而尚未纳入电子银行系统的各种子系统重新设计，为了节约成本，这一工作的开展可以由中央银行牵头实施，商业银行上线出资的做法，笔者认为这一新系统可以有以下子系统构成：
⑴、业务处理系统，再造三票即支票、汇票和本票和三种结算方式即汇兑、委托收款、托收承付的处理流程，按照计算机网络的处理的特点重新设计业务系统。
⑵、会计核算系统，整合商业银行会计核算系统，统一管理银行对外服务业务所使用的会计业务，重构商业银行电子化账务处理体系。
⑶、资金清算系统，完成同城票据交换结算和联行往来结算以及存款帐户异地存取结算。实现结算业务在系统内部上下级之间，横向业务与中央银行之间的结算功能。
⑷、信息管理系统，为银行业务的经营管理提供必要的管理信息，主要包括会计报表、企业资信管理、票据保证信息管理、票据信息查询等经营管理所需要的管理信息。
⑸、事后管理系统，完成支付结算所必须的事后检查处理，必要时可讲该部分内容并入业务处理系统，在流程再造时重塑内部牵制制度。
⑹、凭证管理系统，主要对内外重要凭证进行有效管理，包括凭证印制注册、请领发放以及凭证状态的查询。
⑺、其它管理系统，主要是未包含在上述系统之内需要追加的各种管理措施，如人员管理、权限管理、入网机构管理等。
通过流程再造，增强系统的开放扩充功能，强化银行内部牵制制度，加强对金融风险的防范功能，促进商业信用的发展，为商业信用时代的到来提供净化经济环境保证。
2、商业信用制度的完善——开展票据创新
商业信用制度的完善有赖商业票据自身信誉的提高，票据联保制度也是提高商业票据信誉的一个重要方面。为了防范金融风险，银行对企业签发的大额商业票据，可实行企业联保机制，既允许其它企业为票据签发企业所签发的票据出质、出保，完善票据保证的立法规定，保证债权人的经济利益，并经司法机构公证。票据的保证情况载入联行企业资信查询数据库中，为了推进商业票据的流通，还可允许企业签发附息商业票据，以保证债权人的权益。在此基础上，由商业银行提供承兑、授信、贴现为主的多种方式资金融通，以促进商业信用的健康发展。
3、实行支付结算票据债务备案制度，以央行为中心，通过立法形式，建立区域企业资信评估制度。
商业银行是提供中介服务的金融机构，除了疏通支付结算的结算渠道和信息渠道之外，建立工商企业的信用档案，也是支付结算完善的重要举措。每个工商企业开户的商业银行应为其工商企业建立资信档案，对企业的基本状况、近期的财务报表、使用结算工具对外产生的债务及其偿还情况应以立法的形式，纳入支付结算网络范围之内，通过设定权限，在办理业务的金融机构之间任意查询，并根据一定标准为企业进行资信评级。商业银行可以在支付结算涉及的关系银行之间公开企业的资信状况和企业票据债务发生及结算进度情况以及对票据的拒付情况，由于涉及面广泛，信息畅通，企业无理拒付票据将影响其资信状况，从而产生推动工商企业自身形象建设的内在动力，净化经济环境，减少金融风险。
商业银行支付结算系统的完善和相关管理制度的健全，是我国开展商业信用，促进商品流通，繁荣经济的根本保证，也是化解金融操作风险，净化经济环境的根本举措，对我国商业银行系统的健康发展必将产生重要的推动作用。
