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其次，改革企业所得税。可采取以下措施：一是改革对风险企业（主要是高新技术企业）的所得税优惠方式，即主要应采用税基式减免，并辅之以税率方式减免。税基式优惠主要强调事前优惠，即只要企业实施了高新技术研究与开发活动，不论是否取得成效，都可以成为税收优惠的对象。这样可以提高企业进行高新技术研究和开发的积极性。二是改革企业所得税中研究开发费用的扣除办法。目前企业所得税法规，企业的研究开发费用可以在税前列支，若比上年实际增长达到10％以上的盈利企业，可加计扣除50％。而风险投资的成功率较低，风险企业微利或亏损是很普遍的现象。“盈利企业”的限制使亏损企业无法享有该项扣除，更难摆脱亏损局面。建议取消“盈利企业”的限制，受惠企业因当年亏损不足以抵扣规定扣除额的，可适当向后结转。同时，针对我国风险投资企业尚处于初创时期，中小企业较多而资金薄弱、研究开发费用较难增长或增长幅度很小的特点，对研究开发费用增额扣除优惠应取消“增长比例”限制或降低该比例标准。三是允许企业实行加速折旧或特别折旧方法。加速折旧对企业从事风险投资具有明显的促进作用，日本、法国有科研投资中的不动产在第一年折旧50％的规定，美国实行的加速折旧带来了投资的扩大。我国的企业所得税应进一步明确固定资产的加速折旧问题，同时应明确风险投资企业的固定资产允许加速折旧或特别折旧，并允许不扣除残值计提折旧。四是适当放宽其税前列支费用标准，提高职工教育费的提取比例，并允许列支一定比例的科技开发投资风险准备金，用于防范企业在科技开发和应用中所面临的风险，其数额可按企业投资额或销售额的一定比例提取。
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