章太炎曾说蔡元培是个无政府主义者。（40）他早年在爱国女学讲俄国虚无主义。虚无主义于19世纪在俄国兴起，反对一切政治、宗教，主张个人有绝对的自由，社会应彻底的平等。蔡元培的朋友中如吴稚晖、李石曾、张静江等都曾是无政府主义者，提倡废政府、废宗教、废家庭。蔡元培也曾以无政府主义与人道主义世界主义相提并论，并以此为将来理想的世界。（41）但蔡元培对无政府主义又是有所保留的，他并不是为个人利益而鼓吹个人的绝对自由，而是要个人脱离婚姻、家庭的羁绊，组成更高层次的，更加紧密的道德共同体。他说，“盖群性与个性的发展，相反而适以相成，是今日完全之人格，亦即新教育之标准也。持个人的无政府主义者，不顾群性；持极端的社会主义者，不顾个性；是为偏畸之说，言教育者其慎之。”（42）所以他从未明确提出反对一切政府和政治，反而对国家有相当的信任。
无政府主义也是社会主义的一种。蔡元培认为社会主义运动“为人类普遍的要求”。（43）在他看来，社会主义就是以社会政策建立平等、幸福的社会。所以他说“我们中国本有一种社会主义的学说”，“中国又本有一种社会政策”（44）。在他的理想中，他希望人们结成一个共同体，共同劳动，共同享受劳动成果，以互助代替互竞，过着自治、平等、工学结合的幸福生活，没有统治阶级与被统治阶级的分别。再由这些共同体组成国家，进而组成全世界的大共同体。所以他对克鲁泡特金的互助论和托尔斯泰的“泛劳动”主义十分推崇。他说，“自昔论生物进化者，分持争存及互助二义，而今则以后义为优胜。盖互助之义，非特符合于历史之事实，尤惬当于吾人之心理也。”（45）
在蔡元培看来，理想国家和理想世界都是一个道德共同体，实现理想的过程，虽然离不了强制力量，但最终要靠人类知识和道德水平的提高。他后来在《口述传略》中谈到《新年梦》一文时说，这种废财产、废婚姻的社会主义，“非世界大多数人承认后，决难实行，故传播此主义者，万不可自失信用”，因而他曾说，“必有一介不苟取之义，而后可以言共产；必有坐怀不乱之操，而后可以言废婚姻。”（46）从现代过渡到社会主义时代，“一定是渐进的，必先做一番预备工夫，使大多数人民的知识、道德、习惯和组织，都合于一种更高的社会经济的生活。”（47）蔡元培同意克卡朴在《社会主义史》中提出的这一观点。在这点上，他与康德的思想也十分相近。蔡元培认为康德哲学与中国哲学的相似之处是皆将哲学的各个组成部分置于伦理范畴的原则基础之上。在康德二百周年纪念会上，他说，“只有在扩大知识和提高道德价值的基础上，世界才能够向前发展。在一个错综复杂、令人迷惘的世界里，特别需要具有这样一种精神。它能使最完美的知识和至高的道德的时代潮流融合在－起，并使崇高的永恒真理的理想得以发扬。”（48）正因如此，他不愿接受马克思主义的阶级斗争学说。他说，“共产主义，为余素所服膺者”，克鲁泡特金的互助论是达此目的的最好方法，“若夫马克思所持之阶级争斗论，求效过速，……绝不适宜于中国也。”（49）对国家的推崇使他不能赞成把国民划分成对立的两极而互相斗争，不愿看到因国民的分裂而影响国家的存在。
除理想的层面外，在现实中，蔡元培反对任何特权，提倡民权，他在清末就坚决主张，“盖世界进化，已及多数压制少数之时期；风潮所趋，决不使少数特权独留于亚东之社会。”（50）辛亥革命后，他极力主张维护共和政体，实行责任内阁制，认为总统在德，不必有才，总统无权，可以息争，“而当时普通心理，乃不以为然。言统－，言集权，言强有力政府。于是为野心家所利用，而演出总统制，又由总统制而演出帝制。”（51）
在迎袁世凯南下时，他认为，“机关为主体，而个人为客体”，所以“总统就职于政府，神圣不可侵犯之条件也”。而且，他认为，袁世凯到南京就任临时大总统，为法理上不可破之条件。“且当专制、共和之过渡时代，当事者苟轻违法理，有以个人凌躐机关之行动，则涉专制时代联即国家之嫌疑，而足以激起热心共和者之反对。”（52）一方面，要巩固国家的权力，另一方面又要防止国家权力沦为政客私人的权力，因而政府和执政者都必须在法理范围之内活动。而且，“至于国家，乃一政治的团体，以政治为其界限。”（53）因而国家不能干涉个人和社会生活的所有方面，人们享有宗教信仰等自由，并保障人们有思想言论等基本权利。