国民的道德水平对国家的兴衰也至关重要。他批评中国传统儒家伦理详于私德而缺少国家伦理的不足，提倡公民道德。他认为，中国道德与英国的功利论、强权论不能相容，“惟法人尊自由，尚平等，常为人道主义而奋斗，与我国同也。”（24）因而他主张公民道德应以法国大革命时期所倡导的自由、平等、亲爱为纲领，并认为自由、平等、亲爱与中国传统伦理的义、恕、仁意义相近。“三者诚一切道德之根源，而公民道德教育之所有事者也。（25）
国家的组织形式与国民的道德状况也有很大的关系。他认为，共和国家的国民当具有“共和国民主人格”，具有“共和思想之要素”。所以1912年他在北上迎袁世凯南下途中，与唐绍仪等发起“社会改良会”。提出：“尚公德，尊人权，贵贱平等，而无所谓骄自，意志自由，而无所谓侥谄，不以法律所不及而自恣，不以势力所能达而妄行，是皆共和思想之要素，而人人所当自勉者也。”（26）
蔡元培的政治思想，受法、德两国思想，尤其是德国思想影响较大。他认为“专门学问德国最高”，（27）康德在欧洲思想界的发展中处于领导地位，“他的哲学和中国哲学有着共同之处”。（28）康德、黑格尔的国家学说都是从卢梭关于道德自由是人的特殊而显著的品质这一观点出发，围绕国家与这一自由的关系来考虑国家这个问题的。然而，对康德来说，自由具有一种消极的、有限的和主观的意义，因而他对国家的态度有些勉强，并带有个人主义的色彩。康德把自由解释为要求自愿承担紧急任务的权利，总是以自身作为目的的。他把国家看成一个天然的契约体，从不宣扬国家对个人的控制。在伦理上，康德虽然承认道德的本体性，但并不否认人的感性认识的真实性。与康德相比，蔡元培同样把自己的思想建筑在道德基础之上，但缺乏对个人自由和具体行为的充分肯定，试图通过建立理想的人格来创造理想的国家，并最终创造理想的世界。黑恪尔认为，自由存在于使外在的我适应于思维的我的成熟程序这种意志之中，因而自由是积极的、客观的，富于创造性的，它在一系列的外在表现中显示自己，首先是法律，其次是内在道德规则，最后是维护民族国家的正义性的一整套机构和势力，即社会道德。国家只能按社会道德加以构想，它与社会道德都是自由意志、谋求以积极而客观的形式表现自己的产物。黑格尔对民族国家的过分推崇，使他肯定君主政体，并认为国家不受任何道德约束，可以宣告个人的独立性无效。他热衷国家的完整的主权，不承认国际道德。蔡元培也同样将民族国家推崇到一种精神的高度，认为民族国家是人心所向，但他并不否认个人自由，也不否认国际道德。在道德上，个人服从于国家，但国家也应受道德的约束。他反对倡导极端的个人主义而置国家主义于不顾，也反对倡导极端的国家主义而置人道主义于不顾。在个人自由上，他十分欣赏斯宾塞的人人“各得自由，以他人之自由为界”的观点。（29）并认为这一原则也适用于国与国之间，他认为，“以一国比于世界，则亦为较小之群。故为国家计，亦当以有利于”国，而有利于世界，或无害于世界者，为标准。（30）他在个人主义与国家主义、国家主义与世界主义之间谋求调和，使之不互相冲突。所以他十分赞扬“中和性”，他的思想也是具有“中和性”的。在这点上，他的思想与英国思想家格林有点相似。格林认为国家是一个有机社会，居于构成这个国家的个人之上，个人的意志必须广泛地承认国家的意志，而国家幸福的惟一标准又是人的价值。1922年5月蔡元培与胡适等人倡导“好政府”主义，即主张应“充分容纳个人的自由，爱护个性的发展”。（31）
复兴民族，建立现代民族国家的理想使蔡元培强调国家的作用，将国家置于个人和社会之上，有权干涉社会生洁的各个方面，但另一方面他又不愿看到个人沦为国家权力的奴隶，因而在两者之间谋求调和。这种调和的态度决定了他思想和实践的大致方向，一方面毕生为建设国家而努力，另－方面又常常为维护人权而奔走。