复兴民族是为了建立现代民族国家。民族固然可贵，而国家则是更高层次的共同体，国家意识比民族意识更能促进国民的团结，保持社会的和谐。他说，爱国心是与国家相伴而产生的，“人民爱国心之消长，为国运之消长所关。”“彼其国土同、民族同、言语同、习惯同、风俗同，非不足以使人民有休戚相关之感情，而且政府同、法律同、文献传说同，亦非不足以使人民有协同从事之兴会，然苟非有爱国心以为中坚，则其民可与共安乐，而不可与共患难。事变猝起，不能保其之死而靡他也。”因而爱国心“实为一国之命脉”，“为组织国家重要之原质，足以挽将摔之国运，而使之兴隆，实国民最大之义务，而不可不三致意者焉。（11）”
蔡元培也有一种世界主义、国际主义的情怀，但这只限于理想的层次上，或人道主义的立场上。在他看来，世界主义与人道主义几乎是同意语。他说，国家主义与人道主义初似不相容，但现在是国家主义与世界主义、人道主义的过渡时期，“人与人之道德，有主张绝对利他，而今之国际道德，止于自他两利，故吾人不能不同时抱爱国心与人道主义。”（12）在完全过渡到世界主义前，国家有不可侵犯的权力，各国应相互尊重，而不要相互侵犯。当一国之权力为他国所侵时，国家有自卫之权。世界主义的实现有待于人类道德水平的提高。他认为人类道德的进步可以消弭国际争端，最终建立理想的世界。（13）“国家者，积人而成，使人人实践道德，而无或悖焉，则国家亦必无非礼悖德之举可知也。方今国际道德，虽较进于往昔，而野蛮之遗风，时或不免，是亦由人类道德之未尽善，而不可更求进步者也。”这种人道主义的立场是蔡元培始终坚持的。1932年参与发起中国民权保障同盟，援助政治犯，也是出于人道主义的考虑。他说，“既同是人，就有一种共同应受保障的普遍人权”。在保障普遍人权方面，中国民权保障同盟“无党派的成见”，“无国家的界限”，“对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别。”（14）
总之，蔡元培认为国家是一个道德共同体，有着不可替代的作用。
二、个人与国家
蔡元培认为，“世界所谓良政治者，不外乎以最大多数之最大利益为鹄的。”（15）这正是英国功利主义论理学家边沁所力倡的。边沁据此力住个人的自由，而蔡元培则提倡“舍己为群”。他认为权利“由义务而演出”，（16）“权利轻而义务重”，“义务为主，而权利为从”，“切人类实为义务而生存”（17）。个人的生命、财产、名誉的保全，无一非国家之赐，“故国家之急难，视一人之急难，不啻倍蓰而已。于是时也，吾即舍吾之生命财产，及其一切以殉之，苟利国家，非所惜也，是国民之义务也。”（18）所以，国家居于构成国家的个人和社会之上，个人要承认国家的意志，遵守国家的法律，“吾人对于国家之本务，以遵法律为第一义。”即使是弊法，在未改革前，也应当遵守，并应尊敬据法治事的官吏和官吏之长——国家元首，恪守纳税、服兵役等义务。
蔡元培还指出，个人不能脱离社会、国家而独立存在，个人幸福必须与家族、社会、国家相侍而成立。也就是说个人只有把自己的成就并入更大的整体生活中，才能发现真正的自我。而且，我们应当首先尽我们对家族、社会、国家的义务，而这种义务，蔡元培解释说：“为社会之一人，则以信义为本务，为国家之一民，则以爱国为本务。能恪守种种之本务，而无或畔焉，是为全德。”（20）个人的幸福在伦理上与国家的幸福是一致的，“道德之效在本诸社会国家之兴隆，以增进各人之幸福。”（21）
另一方面，国家也不能脱离个人而存在。“国与天地，必有与立，恃乎其人有自立之性，不可夺之志。”（22）国民精神是国家的元气，要复兴民族、复兴国家，首先要振奋国民精神，激发国民志气。他早年办爱国学社，即重视精神教育，“而所授各科学，皆为锻炼精神、激发志气之助。”（23）