蔡元培先生为追求自由、民主，建设新国家，以翰林身份参加革命。辛亥革命后先后主持教育部、北京大学和中央研究院，以教育、学术为实现理想的途径，力图通过提高国民的知识与道德水平来达到复兴民族，再造国家的目的。他的政治思想同他的伦理思想是紧密相联的，这突出体现在他的国家观念之中。
一、 国家的涵义
近代以来，随着西学东渐的加强，西方民族国家观念传入中国，对中国传统政治思想产生极大的影响。建立一个新的现代民族国家，成为广大中国人的共同愿望。但是，由于受中国传统政治思想和世界形势的影响，国家学说在中国并不十分发达。唐君毅说，由于儒家思想总是以和天下为最高目标，于是中国现代人也动辄想到全世界、全人类，而慕向世界主义、国际主义。又因为西方的国家主义，恒化为侵略的帝国主义，所产生之反感，所以中国现代人形成了重民族而轻国家的观念习气。孙中山先生认为民族是自然形成的，国家为武力造成的。马克思主义者认为国家是阶级压迫的工具。这些观念，对中国人的政治意识影响很大。
与孙中山有所不同，蔡元培对国家思想很早就有较为密切的注意。1903年他编了《文变》一书，就收录了梁启超等人讨论国家思想的文章。在初步了解了西方国家思想的派别和变化趋向之后，他试图融合中西政治思想和伦理思想，形成一套较为完整的国家观念和公民道德体系，以促进统一的国民政治意识的形成，推动新国家的建设。
1900年蔡元培在《上皇帝书》中说：“国者，公司也。民者，出资之股主也，天子者，总办也，诸侯也，官也，皆总办所自辟之分办也。”（1）卢梭民约论传入中国后，对中国政治思想影响甚大。蔡元培在这里也以民约论的观点，主张主权在民。到1907年留德前后，蔡元培为商务印书馆编纂了《中国修身教科书》，进一步较完整地阐述了他的国家观念，极力提倡国家伦理，把国家建筑在道德基础之上。
在蔡元培看来，国家也是自然形成的，它是人类群性的结果。由夫妇到家庭，到宗族、邻里，进而形成了社会和国家。他说，“凡趋向相同利害与共之人，集而为群，苟其于国家无直接之关系，于法律无一定之限制者，皆谓之社会”，“然人类恒因土地相近种族相近者，建为特别之团体，有统一制裁之权，谓之国家，所以弥各种社会之缺憾，而使之互保其福利者也。”（2）所以国家在社会之上，是对社会的有益补充，并对社会有“统一制裁”的权力。
国家的权力来源于其“独立之主权”·因而蔡元培说，“国也者，非徒有土地有人民之谓，谓以独立全能之主权，而统治其居于同一土地之人民者也。”（3）国家的产生正是于行使权力的需要，权力是国家的基础，因而“国家之所以成立者，权力也。“（4）由国家的公权取代各人的自卫权，使人人不必自危，也不得自肆，公平正直，各得其所；离开了国家，权利漫无限制，则无谓的争阋，将日增一日。所以国家的产生是为了维护各人的生命与权利，“欲安全其国家者，不可不巩固其国家之权力，而慎勿毁损之，此即人民对于国家之本务也。”（5）
蔡元培把国家看作一个道德有机体，认为家族、民族、社会、国家等都是意志团体。他说，“以道德言之，一国犹一人也，惟大小不同耳。国有主权，犹人之有心性。其有法律，犹人之有意志也。”（6）法律是国家意志的表现，个人不仅要广泛地承认国家的意志，也应承认国家立法的道德价值。他说，法律者，维持国家之大纲，吾人必由此而始能保有其权利者也。”（7）他认为，法律不仅可以使个人的平等权利在共同体中得以保障，使人人服从正义，而且可以维持一国的独立，保全一国的福利。
虽然蔡元培也提出要复兴民族，但并不认为民族主义可以取代国家主义，更不主张极端的汉族种族主义。1903年因不甚赞同邹容在《革命军》中提出的“杀尽胡人”的见解，在《苏报》上发表《释仇满》一文，认为满族血统已与汉族混合，其语言文字也已为汉语、汉字所淘汰，所以满洲人这一名词只不过是政略上占有特权的一种记号罢了，因而“近日纷纷‘仇满’之论，皆政略之争，而非种族之争”（8）这种观点在“当时注意者甚少。及辛亥革命，则为舆论矣”（9）。1912年5月蔡元培参与发起“五族国民合进会“。该会认为满蒙回藏汉五族国民“原同宗共祖之人，同一血统”，“同一枝派，同是父子兄弟之俦”，所以应“举满蒙回藏汉五族国民合一炉以冶之，成为一大民族，即和满蒙回藏汉五族豪杰之才识能成为一大政党”，最后达到消弭五族之名，完全同化。（10）