20世纪80年代以来，随着经济体制改革的深化，税收的调节职能日益增强，政府对税收优惠的运用越来越多。各种各样的税收优惠，一方面正确发挥了税收的调节作用，促进了经济结构的调整，保持了经济的增长和稳定，一方面也造成了财政平衡的压力和经济效率的损失。为了更好地发挥税收优惠的作用，需要对现行税收优惠政策进行必要的调整，对现行税收优惠制度进行必要的改革。

　　我国现行税收优惠制度存在的主要问题，主要有六个方面：

　　税收优惠的范围过宽、规模过大。从理论上说，任何国家的税收制度都包括基准与非基准两个部分并以基准部分为主、非基准部分为辅。如果非基准税收制度成为税收制度中的主要组成成分，就要对整个税收制度进行一次大的改革，以便把非基准税收制度转换为基准税收制度。在我国现阶段，税收制度中由税收优惠构成的非基准税收制度已经从辅助地位上升到主导地位。从政策目标看，税收优惠的政策目标几乎涵盖了经济、社会以及政治、军事、外交的各个领域，与基准税收制度的作用领域完全相同。从政策手段看，无论是对直接税还是间接税，在承担取得收入任务的同时，都承担着实施税收优惠的任务。从具体方式看，非基准税收制度的各项具体规定几乎渗透到了基准税收制度的所有要素。从规模看，现行税收优惠的规模已经达到并超过了由基准税收制度带来的税收收入的规模。其中，商品税的税收优惠与商品税的收入大体相等，所得税的税收优惠则大大超过了所得税的收入规模。从人们的税收观念看，几乎所有的组织与个人在思考税收问题时，首先都不是去了解基准税收制度和由此规定的纳税义务，而是去了解非基准税收制度和可能获得的税收免除或减少。宽范围、大规模的税收优惠，不仅减少了税收收入，增加了财政平衡的压力，而且扭曲了商品价格，产生了替代效应，造成了经济效率的损失。此外，税收优惠范围过宽、规模过大，一方面加大了税收征收管理的难度，增加了税收的征收成本，另一方面加大了解读税法的难度，增加了税收的遵从成本。

　　税收优惠的政策目标不清晰。清晰的税收优惠政策目标首先要明确划分优惠项目与不优惠项目，形成此消彼长的政策导向。而我国现行的税收优惠政策具有普遍优惠的特点，没有将优惠项目与不优惠项目清晰地区别开，没有形成此消彼长的政策导向。在多个政策目标同时存在并具有交叉关系时，清晰的税收优惠政策目标要求排出不同政策目标的先后顺序。否则，在多个政策目标同时发生作用时，就会出现某一政策不给予优惠而其他政策给予优惠的状况。我国现行的税收优惠政策具有调整产业结构、区域经济，促进技术进步和利用外商投资、扩大出口等多项目标，经常出现根据某一政策不应给予税收优惠而根据其他政策又给予税收优惠的现象。如根据区域经济发展的要求，中西部地区应享有较多的税收优惠，但是根据鼓励外商投资的要求，在外商投资更多地集中于东部沿海地区的情况下，东部地区却享有更多的税收优惠。

　　税收优惠的政策手段结构失调。税收优惠的政策手段包括直接优惠与间接优惠两大类。直接优惠的具体方式主要是免税、减税、退税，简单明了，具有确定性；间接优惠的具体方式主要是税收扣除、加速折旧等，具有弹性。一般情况下，直接优惠对纳税义务人争取或骗取税收优惠的刺激作用大，间接优惠对纳税义务人调整生产经营活动的激励作用大。因此，在选择税收优惠的政策手段时，主要应当运用间接优惠，尽可能少用直接优惠。我国现行的税收优惠按照优惠的项目计算，95%以上的项目属于直接优惠，间接优惠项目所占比重不足5%，是一种以直接优惠为主的税收优惠制度。

　　缺乏税收优惠的成本一一收益分析。税收优惠是一种特殊形式的财政支出。要提高税收优惠的效率，必须对税收优惠进行成本——收益分析，我国现阶段没有税收优惠的成本——收益分析。在设置税收优惠项目时，对税收优惠的有效性和效应大小，以及税收优惠的成本构成与成本大小缺乏足够的考虑。结果是一些凭借主观意向设置的税收优惠，很可能在实践中只有成本，没有任何收益，给国家的经济利益造成重大损失。

　　缺乏税收优惠的预算制度。税收优惠属于财政支出，应当实行预算管理。只有实行预算管理，才能发挥公众对税收优惠的监督作用与控制作用。我国现阶段的税收优惠没有实行预算管理，公众不知道税收优惠的规模与结构，也无法对税收优惠进行有效的监督与控制。