税收作为影响地区投资环境的重要因素，对于促进地区经济发展具有重要作用。目前，我国地区之间的宏观税负存在很大差异，这种差异的存在不利于西部经济的发展。于是，如何加强税收工作，从而促进西部大开发就成为我们研究的重要课题。
一、我国现行主要税种中存在的问题
１．增值税。２０世纪９０年代初期，我国社会商品供不应求、投资膨胀、经济过热，国家一方面出于保证财政收入的需要，另一方面考虑到抑制投资膨胀，因此在税制改革中选择实行生产型增值税。生产型增值税只允许扣除购入的原材料等所含的税金，不允许扣除外购固定资产所含的税金。
随着我国经济的发展，生产型增值税日益暴露其弊端，主要体现在：①不利于基础产业和高新技术产业的发展。由于多数基础产业和高新技术产业资金成本中的长期资本投入的费用所占比重较大，实行生产型增值税，外购的资本品所负担的增值税不得抵扣，这是对资本品的重复计征，因而这部分产业的税负必然较重。②与我国西部开发战略不适应。西部地区在相当长的时期内具有重工业优势，企业以国有大中型企业为主，购进固定资产比重较大，因此西部经济在企业资本积累与技术进步方面受生产型增值税的负面影响要大于以轻工业为主的东部经济。由于对农产品、运费等采取１０％的扣除率，使得那些购进抵扣税率低的、以农产品为原料的企业以及运费比重大的企业的增值税税负偏高，导致以农产品初级加工和资源开发为主的西部地区的增值税税负明显高于东部地区。税负的不平衡拉大了西部地区与东部沿海地区的差距。
２．企业所得税。目前的企业所得税不利于西部经济的发展。首先，内资企业所得税实行３３％的基本税率和１８％、２７％的两档照顾税率。所谓照顾税率，主要是照顾应税额较少的中小企业的税率。由于西部地区以国有大中型企业为主，应税额较高，应税额较少的乡镇企业及私营企业所占比例较少，而东部地区应税额较少的中小企业和乡镇企业居多，此规定在客观上更有利于东部地区。其次，改革开放初期，为了吸引外资，内资企业与外资企业实行两套不同的所得税制，外资企业所得税税率为１５％，比内资企业享受着更多的优惠待遇。具体表现在：①应纳税所得额的确定标准不同。内外资企业资产的税务处理、税前费用扣除标准等方面不同，外资企业税负较轻。②外资企业在享受税收优惠待遇的广度和深度方面比内资企业优越。外资企业享受减免税优惠条件的行业多、范围广，执行１５％的税率，享受的优惠税率低；外资企业享受再投资退税等优惠，这导致内外资企业税负的不公平，不利于两者之间的公平竞争。而外资企业主要集中于东部地区，在１９８５年至１９９５年的１０年间，我国实际利用外资的总额，东部沿海地区占到８７．３％，西部地区只占４．２％。上述原因客观上造成内地与沿海的税负差距越来越大，不利于地区间公平竞争，不利于西部不发达地区经济的发展。
３．资源税。我国西部蕴藏着丰富的矿产资源和动植物资源，有效地利用好这些资源是西部大开发的重要使命。以往我国的国民经济建设承担了很高的生态机会成本。由于环境恶化，目前我国水土流失面积已超过国土总面积的１／３，沙化土地约占国土总面积的１／６。而西部地区原本脆弱的生态环境在开发程度并不高的情况下水土流失更为严重。大部分省区的水土流失程度高于全国平均水平。西部地区的经济增长，一方面依赖于对自然资源的开发，另一方面与这种较低层次的资源开发相伴的是较高的生态成本，它对西部地区生态环境的恶化起到了推波助澜的作用。由于生态环境的退化，势必对经济基础构成威胁，加之生态环境退化产生的破坏力外溢问题，因此西部大开发必须将生态安全体系的建设列为首要目标，在此前提下，制定有利于保护生态环境的税收政策。