一般来说，对外商投资企业分支机构的税收管理，按现行税收法规规定主要有两种办法：一是对于采取“独立核算”的分支机构，无论其总机构是否同在一地，凡属于征收增值税为主营业务范围的，要求其每月按税法规定申报增值税，每季按规定填报外商投资企业所得税纳税申报表并附送会计报表。二是采取“非独立核算”经营方式的分支机构：（1）分支机构与总机构在同一地的，由总机构汇总申报缴纳增值税、外商投资企业所得税；（2）总机构在异地（外省）的，分支机构在当地申报缴纳增值税，所得税则由其总机构在所在地税务机关汇总申报缴纳。

　　从近年来的工作实践中，我们感到这种管理方式存在以下几方面的问题：

　　1.未能及时确认外商投资企业分支机构是“独立核算”还是“非独立核算。，不利于税务机关的管理。

　　准确认定外商投资企业分支机构的核算方式，是管理好外商投资企业分支机构，防止税款流失的关键。但由于外商投资企业总机构与其分支机构在办领工商营业执照时，工商部门颁发的皆为“中华人民共和国企业法人营业执照”，明确规定总机构为独立的法人资格企业，核算方式是“独立核算”；而分支机构为非法人资格，核算方式则没有确认。因而在办理税务登记证时，分支机构的核算方式由企业自填。这就使得税务机关难以对其真实性进行确认，容易造成征管漏洞。

　　如某外商投资的房地产开发公司新设立了一家酒店和一家机械设备安装公司，该公司在办理分支机构税务注册登记证时，在填写“外商投资企业分支机构税务登记表”的项目“是否独立核算”一栏中，填的是“独立核算”。开业后税务人员要求这两户分支机构按季申报所得税，但这两户分支机构并未按时申报纳税。当税务人员按税法有关规定对这两户分支机构进行罚款处理时，企业有关人员则解释说是“非独立核算”企业，其所得税已由总公司汇总申报。税务人员指出企业自行填报的核算方式是“独立核算”时，企业有关人员解释说是办证人员误填的。

　　由于无法确认企业分支机构的核算方式，所以当分支机构有盈利，而总机构是亏损时，其分支机构的盈利额总被用以与总机构的亏损额相抵，在总机构的帐上反映出总的亏损，不用缴纳所得税。所以，对企业核算方式的确认是防止税款流失，杜绝“合理避税”的关键。

　　2.难以掌握采取“非独立核算。方式的分支机构的经营收入，难以准确核定企业的”两税“及所得税。

　　采取“非独立核算”方式的分支机构，若是与总机构在同一地的，其经营情况尚可通过总机构进行了解。但分支机构与总机构不在同一地的，如分支机构在外省时，对分支机构的经营情况，税务人员就不好掌握。如某一药业有限公司在外省设立了分支机构经营部，其经营方式为“非独立核算”，该经营部销售货物缴纳的增值税已由当地税务机关征收，而所得税则由总公司汇总申报。但该分支机构的经营所得，是盈利或亏损，费用及成本的具体数据，总公司所在地税务机关只能凭总公司申报递交的汇总表进行核实。若要对其填列数据的真实性进行确认，则要花大量人力、财力到分支机构所在地才有可能查证，由此增加了税收成本。

　　3.难以及时监控外商投资企业设立分支机构的有关情况。

　　一般情况下，外商投资企业设立分支机构，需要到工商行政管理部门办理有关分支机构工商营业执照等事项。工商部门办理分支机构营业执照有两种情况：一是分支机构与总机构在同一地、市的，由同一地、市的工商行政管理部门颁发分支机构营业执照，并同时更换总公司营业执照，在执照内容上增加新设立的分支机构名称；二是分支机构设在异地的，总机构所在地工商行政管理部门出具该公司在外地增设分支机构的批文，由该公司去异地分支机构所在地工商行政管理部门办理工商营业执照，并同时换发总公司营业执照。但由于部分外商投贸企业人员法律观念不强，或出于某种原因，在办理分支机构工商执照后，未及时到分支机构所在地主管税务机关办理税务登记证，再加上工商行政管理部门与税务机关之间缺乏横向联系，在给企业办理增设分支机构手续后，未及时通知税务机关企业增设分支机构的情况，导致税务机关未能及时了解并监控分支机构的生产经营情况，造成税收征管出现滞后。在梧州市，有的企业在外省设立分支机构将近一年，税务机关只是通过每年一次的税务登记证联合年审检查，才查出该企业已增设了分支机构，才将该分支机构纳入管理。而对于在外地设立的分支机构，是否已及时在外地主管税务机关办理税证和申报纳税有关事项，总机构所在地主管税务机关更没有有效途径在事前、事中及事后及时掌握。