目前，我国对内资企业和外资企业仍实行两套所得税制。对外资企业所得税优惠过多；对一些地区尤其是沿海地区的内外资企业实行所得税低税率的优惠政策。这不仅有违市场经济中公平竞争的原则，也不利于适用不同税率的企业联合、兼并，组建跨地区、跨所有制的大型企业集团。而且诱使一些企业集团通过集团内部的转让定价、特许权使用费、利息支出、管理费用和弱化资本等方式，把公司集团的一部分利润从高税率地区转移到低税率地区，从而达到避税的目的。
（二）按企业预算级次、隶属关系划分企业所得税管理权限与支持发展企业集团的目标不相适应
1.不利于大企业集团的形成。在联合兼并的基础上组建跨地区、跨行业、跨所有制甚至跨国经营的企业集团，必然会改变原有税源和税收的分布，产生新的税收分配关系，带来利益的重新分割，也就意味着某些地方所得税收入的丧失。因此，在经济利益的驱动下，一些地方政府不愿企业重组，尤其是跨地区重组。这将导致市场的分割与封锁，阻碍资源的合理流动，使大企业优而不胜，小企业劣而不汰，不能顺利地通过购并、联合组建企业集团，妨碍规模经济的形成。另一方面，由于这种隶属关系强化了政府对企业的行政干预，一些地方政府在不懂得规模经济真正含义的情况下，以为企业只要成立集团、上规模就可获得发展，靠行政力量搞“拉郎配”式的企业集团，最终造成企业的盲目扩张和过度多元化。
2.对税收征管造成一定困难。企业集团形成发展中的企业购并，使税收级次发生变化。在企业集团的发展中，跨地区、跨所有制、跨行业的企业购并活动十分活跃，打破了所有制形式和所有权界限，企业的财产组织形式发生了变化，产生了多元产权结构。这样就难以确认企业和政府的隶属关系，尤其是在企业集团中，有股份制企业、股份合作制企业、母公司、子公司等许多层次，资金来源很难分清，其行政隶属关系不明确，对这一部分税收的征管难度增加。同时，也不利于对企业集团所得税的税务检查。
3.现行分税制下，企业所得税按不同隶属关系分别上缴中央财政和地方财政，分别由国家税务局和地方税务局负责征收管理，使得不同级次财政所属企业的联合和合并面临非常复杂的利益调整。不但中央企业难以与地方企业联合，甚至就连同省但不同县级财政所属企业也难以联合或合并。
三、解决企业集团所得税问题的对策建议
（一）完善企业集团所得税政策制度
1.以法人为基础确定纳税人。内资企业所得税纳税主体的确定应当与国际接轨，主要应按法人资格来确定，具备法人资格的纳税主体应当是税负的公平承担者。应依据独立核算法人企业为独立纳税人的原则，对于集团下属企业如果为独立法人，应以集团下属企业为独立纳税人，集团不再对下属企业汇总计算缴税。如果企业集团为独立法人企业，应由集团下属企业就地预缴所得税，并由集团企业汇总缴税，对于所属企业预缴所得税在汇总计算时予以抵免。
2.选择所得税税率类型。根据我国目前仍属发展中国家的国情及国际大趋势，在税率类型上，应选择“效率型”。我国应考虑实行单一的比例税率，这样既有利于企业公平竞争，同时又由于其具有一定的累退性质，能够鼓励企业扩大生产，增大规模，推动企业集团的建立和发展。我国目前对一些小规模企业实行的18%和27%两档低税率，属于过渡性措施，要在一定期限内尽快取消。在过渡期内，对大企业兼并、购买小规模企业的，应按原小企业的适用税率来征税。同时，可考虑使用投资抵免、加速折旧等优惠办法，鼓励大企业集团的建立和发展。
3.正确处理应税所得与会计所得的关系。应当在充分借鉴或吸收国外有关处理应税所得与企业财务会计所得二者之间差异立法经验的基础上，将我国税法中的有关原则性规定具体化，使其具有可操作性；同时还要加强与之相适应的企业财务会计制度的配套改革，进一步明确企业应税所得与企业财务会计所得之间相互统一的关系。针对应纳税额的时间差异问题，宜采用纳税影响会计法，在采用该法时应当确认对所得税的影响金额，并确认为本期所得税费用，以使本期所得税费用与本期税前会计利润相配比。
4.解决重复征税问题。对公司分配给股东的股息、红利的税收处理，可实行股利收入抵免制，允许股利收入者从其股利收入额中扣除一定的比例抵免其个人所得税额。现在日本就采取这种方法。在使用以上任何一种方法的同时，还可考虑在公司实行双率制加以配合，对公司的分配利润（股利）实行较低的税率，对保留利润实行较高的税率。我国对于持股企业应采用分回利润不计入所得的所得税政策，以更有利于企业集团的形成和发展。
（二）完善企业集团所得税征管体制
1.确定纳税主体和征税主体。（1）改变以“独立核算”标准作为判定纳税人的主要条件的做法，逐步向以“独立法人”为判定纳税人的标准方式过渡；同时，参照国外立法，引入企业集团所得税的集中缴纳方式，规范企业集团所得税的集中缴纳方式。（2）配合现行税法进行财政体制改革，改变新税法与旧财政体制不配套的局面，明确企业所得税的征管主体，加强其征管职能。此外，还要将国有企业所得税的税收任务纳入到统一的税收计划和目标考核中，消除国有企业与其他内资企业在征管方面的不同待遇。
2.科学划分税收管理权限。目前，为了加快企业集团发展，推进国有资产重组，可考虑在税收制度上稍作变通。对于因购并而改变隶属关系的企业，其所得税可采用仍按原渠道上缴、按股权比例上缴、由控股公司统一上缴等多种方法进行，以减少阻力。但这只能作为权宜之计。从长远看，应尽快以法律形式改变企业所得税按企业隶属关系划分管理权限的做法，与此同时，随着政治体制改革的进行，中央与地方事权、财权的进一步明确，应适时赋予地方政府一定的税收立法权，使其可以根据需要开征一些其他税种作为其收入来源。另外，还应完善中央对地方的转移支付制度，通过科学的计算方法，及时补充地方政府的可支配财力。
3.防止税收流失。（1）针对企业改组、改制和企业集团形成发展中出现的问题，应尽快制定企业所得税方面的税收征管办法，不开新的减免税口子。（2）建立转让定价制度，规范关联企业交易，完善反避税措施，应制定转让定价的法律条文，确定关联企业的认定标准，转让定价制度的适用对象、成交价格的核算办法等。（3）规范所得税优惠，合并内外资企业两套所得税制，取消对外资企业过多、过滥的优惠，实行国民待遇原则，建立统一的法人所得税制。取消对一些地区的过多优惠，尽量少使用优惠税率和免税期的方式。今后的税收优惠应主要向产业优惠倾斜，多采取加速折旧、税收抵免等有效性更高的方式。
4.加强税务检查。重点是对企业集团内部关联交易的检查。企业集团内部之间的交易是否属于关联交易，应根据下表所示的规则：
在关联交易确认的基础上，检查的重点是关联交易对财务状况和经营成果的影响。主要检查关联企业间的购销业务、融资活动、劳务供应情况以及担保、抵押业务，对高新技术企业、免税企业、弥补亏损期企业，如果发现其某一时期利润水平明显提高时，应注意检查有无从关联企业转入利润的可能。在检查关联企业交易时，若发现其作价、收费标准明显不符合公平成交价格原则的，税务机关可对转让定价进行重新调整。调整方法主要有可比非受控价格法、转售价格法、成本加价法，也可采取其他合理方法，如可比利润法、可比费用法、利润分割法、净收益预期法等。
