2、材料采购的不同，会计核算各异
医院对材料采购主要是药品（西药、中、草药）辅助材料，低值易耗品（胶布、绷带、棉纱）等，院校的材料主要是：教材、书籍、作业本、办公用品等，其会计分录为：
医 院： 借： 药品（库房）库存物品等
贷： 银行存款（或长期应付款）
院 校： 借： 材料（或直接列事业支出）
贷： 银行存款
在医院药品采购中，有售价成本和实际成本之分，要求核算采购成本时，对其差额以“药品进销差价”反映，并在月末进行结转，而院校在材料领取中，只列支出，不计成本。
3、固定资产折旧提取方法不同，会计核算各异
医院在固定资产使用上，除对外购入还可融资租入固定资产。医院对其固定资产折旧提取允许按“平均年限法”，“工作量法”提取专用基金——修购基金；院校对固定资产只在年末时按事业收入和经营收入的一定比例的提取维修费和设备购置费。其分录为：
医 院： 借： 医疗支出
药品支出
贷： 专用基金——修购基金
院 校： 借： 事业支出——商品和服务支出——维修费
――其他资本性支出——设备购置费
贷： 专用基金——修购基金
4、各类支出的归集分配不同，会计核算存在差异
医院对各类支出分的很细，在直接支出中如：医疗支出、药品支出、在加工材料等，对不能直接记入某支出的先归集在管理费用上，如：（水、电、暖气等费用），在月末进行分配后计入各类支出之中。其分录为：
医 院： 借： 管理费用——水、电、暖气等
贷： 有关科目 （归集）
借：医疗支出——业务费
药品支出——业务费
在加工材料——制剂生产 （分配）
贷： 管理费用
院校对发生各种支出均列在事业支出和经营支出，用明细账区分不同的支出。而医院要进行成本核算，要分配管理费用由谁承担的问题，事业单位不需要进行成本核算，不必设置管理费用之类科目进行分配。
