税收作为国家调控经济社会发展的重要工具，一直在实现经济结构调整和经济发展方式转变等方面具有独特的作用。1994年税制改革以来，我国相继出台并实施了一系列促进科技进步的税收优惠政策，对增加企业研发投入、发展高科技、实现产业化、提升企业自主创新能力和核心竞争力，发挥了积极的推动作用。现行税制促进科技创新的激励作用主要表现在以下两个方面：一是通过税收法律法规促进科技发展和自主创新，如对直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器设备免征增值税，对农业机耕及相关培训免征营业税，对提供专有技术取得的特许权使用费减免外资企业所得税，对省（部）级以上单位颁发的科技奖金免征个人所得税等。二是适时制定具体的税收优惠政策，对研究开发—科技成果转化—成果产业化等不同环节、高新技术产业开发区等特定区域以及集成电路、软件、科研机构转制、科学普及等实体或产品给予支持，以促进技术创新、发展高科技和推动科技体制改革。
据初步统计，现行税制共对高新技术产业开发区、经济技术开发区等21类特殊区域实行了区别对待的税收优惠政策，以适应改革开放和我国经济梯度开发与促进区域经济振兴的需要，如：对包括中部6省的26个老工业基地城市的八大行业实行消费型增值税改革试点、统一对研发费用所得税前加计扣除、实行企业技改设备投资抵免新增所得税、科技成果转化免征相关税收、内外资项目投资总额内进口设备免税、进口科教用品免税、高新区内高新技术企业及软件与集成电路产业实行减免税、对科技创新与科学普及减免税等。据不完全统计，2003年，仅对高新技术企业减免税收就达250亿元，2004年科技税收减免合计达到700多亿元。现行涉税法规及具体税收政策有效地提高了企业科技创新的积极性和主动性，也充分发挥了高科技园区等特定区域的辐射和平台作用。
现行政策仍存在问题
从现行税制的运行实践分析，现行促进科技进步的税收政策也存在一些亟待解决的问题。
区域优惠力度大、层次多，产业优惠相对较弱且导向不够清晰。目前，21个大类的区域税收优惠政策范围广、内容丰富，虽然也体现对高科技产业的扶持，但产业税收优惠过于偏重对利润的调节，特别是区域普惠税收优惠政策在一定程度上减弱了鼓励高科技产业发展的导向功能。
税收激励政策较多偏重于创新结果而不是扶持创新过程，影响了税收政策的效果。如：企业已被确认为高新技术企业或研发形成科技成果转让时，才能享受相关优惠政策；加速折旧、投资抵免等扶持科技产业化的间接税收优惠政策受制于各种因素无法充分落实；因居民管辖权、税收抵免等因素的制约，外商投资企业享受的税收优惠部分成为了发达国家的财政收入。
税收扶持政策缺乏系统性，政策效应有待进一步提高。现行促进科技进步的税收优惠政策几乎散见于现行税制的各个税种，但都具有特定的适用条件，如高新区内高新技术企业与区外企业税收待遇不一致，影响了企业的公平竞争。对科技企业采取增值税、进口环节税等优惠政策，影响了增值税制度的规范，也存在替代投资及财政支出等问题，越位严重。而对科技基础研究、风险投资、产学研结合等的税收优惠政策支持力度不够，存在一定的缺位现象。特别是部分税收优惠政策实施需要主管部门对优惠主体进行认定与管理，存在一定的政策“博弈”现象。
税收政策选择
经济发展实践表明，高科技成果的转化与应用、引进设备与技术、加大研发费用投入等是市场主体增强核心竞争力、追求高收益的成本，应由市场机制发挥其基础性的作用，政府不能替代企业进行市场决策。税收扶持政策只是鼓励企业发展高科技的“引子”，着重要为企业创造公平创新的税收环境。
改革和完善主体税种，增强增值税和企业所得税对发展高科技产业的适应性。
