一、分税制运行中出现的问题
(一)中央与地方事权划分不清。
多年来，政府与市场的职能一直没有界定清楚，政府包揽太多的状况始终没有改变，中央与地方的事权也划分不清。分税制改革的重点是划分收入，但中央与地方事权划分不清的问题并没有得到解决。
(二)收入划分不规范。
现行分税制在收入划分上既有按税种、税目划分，又有按行业、隶属关系划分。企业所得税按隶属关系分别划归中央和地方，导致地方政府为追逐税收利益而大搞重复建设，结果各地结构趋同现象严重；尤其重要的是，世界范围内的经济结构调整进入新一轮加速期，我国更是到了以结构调整推动经济发展的新阶段，十五届五中全会提出我国将把结构调整作为主线贯穿于整个“十五”甚至更长时期，但由于按隶属关系划分税种的现行体制，导致资产的流动会带来税收利益的转移，因而会受到被兼并、重组方所在地方政府或部门的阻挠，从而严重阻碍着资产重组，制约着结构调整。此外，中央与地方共享税采取收入分享制，税收分享只是给地方一定的财力，而税种、税率的确定权却在中央。这一方式尽管比较简单易行，但存在税收分享比例是“一刀切”的缺陷，且具有累退效应，因而不能区别各地方的财政能力，不利于达到缩小地区财力差别，实行资金再分配的目的。
(三)转移支付制度不完善。
转移支付制度是分税制的重要组成部分，规范化的分税制能够通过财政转移支付实现各地区有均等的提供公共产品的能力。由于我国分税制实行“基数返还(以1993年为基数)，超收分成”的政策，而1993年各地财政收入人为超常规的增长，致使以后年度财政收入增长速度大打折扣，从而使得税收返还数额占转移支付的比例非常高；尽管在1995年采取补救措施，推出“过渡时期转移支付办法”，无奈资金有限(1995年约为20亿元，1996年约为34亿元，但也仅占中央财政支出的0.5％左右，占转移支付支出总额的1.8％)，与实际转移支付需求相差悬殊，结果作用甚微。纵向转移支付的目标落空，横向财政资金的转移制度没有建立，这就大大弱化了财政应有的缩小地区间差距的功能。
(四)财政资金管理体制和机制不健全。
我们往往对税务部门重其取得收入多寡而忽视取得收入的成本，忽视对财政资金的追踪问效。于是，在收入上，征收成本高，效率低下；在支出上，资金上拨后即失去了监督，收入的接受者只有对资金使用的权利而不必承担相应的责任，结果财政资金支出的方向、结构失去了控制，大量的重复投入与无效投入并存，浪费严重。另外资金下拔环节较多，资金被截流、挤占、挪用现象严重，也极易滋生腐败。
财政资金管理体制和机制不健全还表现在转移支付资金上。我国现行转移支付形式除了专项补助外，其他都是无条件财政转移支付，中央政府对如何使用转移支付资金没有明确的规定，其使用权完全掌握在地方政府手中。这样，地方政府处于简单的收入接受者的地位，在资金的使用上往往不关心支出的方向；数量和效率，无效投入和浪费严重。同时中央政府也无法实现通过转移支付制度实施国家产业政策和调节地方政府支出行为的目的。
二、完善分税制的对策建议
(一)转变政府职能，在此基础上；明晰各级政府的事权，科学界定支出范围。
这一方面总的原则是首先确定事权，根据事权定支出，根据支出确定各级政府应得的收入。显然，事权的划分是最重要的，是财权划分的基础。只有事权与财权相一致、相适应，政府履行职能才有物质保证。而事权的划分与政府的职能紧密相联。因此，完善分税制，一是转变政府职能，明确政府与市场的职能。将那些政府部门不该管、管不了或管不好的微观经济活动及其相关事务，那些本来可由市场机制去解决的问题，逐步从财政的供给范围中剥离出去，并以此为依据重新界定国家财政的支出范围。二是从中央与地方政府的职能划分和公共产品的受益范围这两个层面，合理划分各级政府的事权，并把各级政府的事权用法律形式固定下来；然后根据财权与事权相统；的原则，确定各级政府的支出，当然，中央政府还应从自身做起，科学界定职能，不能包揽一切，无限扩大支出。要取消不应由地方政府负担的支出项目，合并各级政府间的重复支出项目，适当下放部分税权，最终把中央与地方政府的分配关系纳入法制化的轨道。这是分税制财政体制正常运行不可缺少的重要前提。
